文莱政府向公民提供免费医疗，包括必要时到国外免费就医。对永久居民和政府部门外籍雇员及其家属仅收取象征性费用。文莱卫生医疗分为三级：卫生诊所为初级医疗单位；卫生中心为二级医疗单位；医院为三级医疗单位。此外，还有流动医疗队和“飞行医院”为边远地区居民服务。2019年，文莱拥有7所医院（4所政府医院，3所私人医院）、9个医疗中心、15个卫生中心和17个诊所、1622张床位，病床占用率为67%。2019年，文莱有828名医生、96名牙医、2507名护士、81名药剂师、330名助产士。
专业医护人员短缺是文莱医疗机构面临的主要问题，有些需要特别医治的病人还需送到周边国家及医疗技术发达国家治疗，2019年，病人主要送往新加坡、马来西亚、泰国和美国，人数分别为226名、56名、15名和1名。护理人员短缺情况也比较严重。为了改变这一状况，2006年文莱卫生部决定从该年起每年派护士到国外深造。2019年，文莱没有突发传染病事件。在文莱已没有百日咳、破伤风、小儿麻痹、脑炎等传染病。