北越在1973年签署巴黎和平协约，随后在当年3月31日与马来西亚建立大使级外交关系。两国在1975年议妥互派大使的安排，并于翌年互设大使馆——马来西亚驻越大使馆在1976年开馆，越南驻马来西亚大使馆则在同年5月29日开馆。马来西亚在1970年代中、后期向越南施压，希望对方接受和平自由中立区的构想，不过越南认为这是一项fangong围堵政策，令两国关系陷于紧张。马来西亚总理侯赛因·奥恩在1977年8月参加双边峰会，承诺会提供经济、技术援助，协助越南重建百废待兴的经济体系。1979年越南入侵柬埔寨，同时不少越南难民开始到马来西亚逃难，直至1980年代为止；这股难民潮为马来西亚带来的问题包括经济问题和国安问题（特别是种族势力的问题，因为越南难民很像华人）。
1975年越战结束，西贡易手后不久，有47名越南难民在同年5月乘船抵达马来西亚，成为第一批抵达马来西亚的越南难民。1978年越南政府开始没收华人的财产，之后抵达马来西亚的越南难民人数急剧上升，马来西亚政府的数据显示，马来西亚收容的越南难民人数在1977年时有500人，到1978年已经增加到19,000人。为了应对难民潮，马来西亚政府在1978年指示内政部成立第七特遣部队（FederalTaskForceVII），阻止更多难民登陆。传媒报导，难民会被马来西亚的军警人员驱逐，不过有的难民为了登陆，会凿沉自己的船只。马来西亚政府得悉难民凿沉船只，企图博取登陆机会后，时任副首相马哈蒂尔·穆罕默德便在1979年6月宣布将提交法案，准许军警人员射杀试图登陆的难民，却被自己的上司、首相侯赛因·奥恩迅速驳回。
联合国在1978年协助马来西亚在登嘉楼比农岛兴建第一座越南难民营，这座难民营可以容纳25,000名难民。之后马来西亚还在登雅岛、大岛、哥打峇鲁、关丹、沙巴和砂拉越设立多座难民营，并在吉隆坡新街场设立中转中心，该中心于1982年启用，获西方国家收留的难民需在此处等候离开。1981年至1983年期间，马来西亚接收的难民人数起起伏伏，往后三年间，马来西亚接受的难民大幅减少。1987年，抵达马来西亚或邻近国家的难民人数突然上升；当年东南亚国家联盟（东盟）举行峰会，成员国谴责越南在处理难民问题这方面做得不充分。
马来西亚和越南在1988年8月签订自愿遣返协议，容许不获西方国家收容的越南难民按照自己的意愿返回越南。越南政府曾数次派团前往马来西亚，到难民营向难民进行讲解，不过从1988年至1989年期间，根据协议完成登记，返回越南的人士不足40人，所以外界认为这份协议并不成功。1989年3月14日是马来西亚收容难民的最后期限，所有在当日之前登陆的越南难民自动视为难民，当日以后登陆的越南难民则需进行甄别，评估他们是否符合难民资格。甄别政策是联合国难民署在1988年6月提出的建议，按此难民登陆后必须接受背景审查，判断他们是否符合难民资格，得到西方国家的收容。在期限届满后10个月内，马来西亚收容了9,000名难民，其中4,000人被送往西方国家；同期登陆大马的难民共有11,000人。
之后马来西亚收紧政策，规定越南难民如要入境，则需符合难民资格，结果促使部分难民选择自愿返国；大马政府在1989年遣送1,000至2,000名越南难民回国。联合国难民署曾向这些难民发放津贴，每月一次，为期一年。进入1990年代初，越南经济开始录得增长，抵达马来西亚的越南难民人数也因而下降。经过马、越两国与联合国难民署之间的合作，马来西亚得以在1991年11月关闭比农岛难民营，减少当地的越南难民人数。在1994年参加自愿遣返计划的难民共有3,000人，令马来西亚收容的难民人数减少到6,000人。大部分留下来的难民都无法通过联合国难民署进行的甄别程序，列为非法移民，不过这群人大都不愿意返回越南，结果他们在1995年马来西亚政府决定关闭新街场难民营的时候发动示威、暴动。后来新街场难民营在1996年6月关闭，而最后一批难民也在2005年返回越南。
越南在1988年宣布从柬埔寨撤兵，马越关系也在同时开始恢复。两国政府高层在1990年代初多次互访，举行多次双边峰会，签订多项倡议经济合作、经济建设的协议。马来西亚驻胡志明市领事处在1991年1月开馆，由此也可以看出两国关系的改善。两国经济关系日益密切之际，越南在1994年表示有意加入东南亚国家联盟（东盟），并于1995年加入东盟，得到马来西亚的支持和热烈欢迎。
1990年代马越关系的特征是双边贸易和经济合作的推展；自2000年起，两国也开始在其他领域合作。当年越南和马来西亚签订协议，促进两国执法机关合作，打击跨国贩毒活动。两国又于2004年签订综合合作协议以及两份谅解备忘录，涉及的领域包括资讯科技、教育交流等各方面。两国又在2008年签订谅解备忘录，开始在国防领域合作；根据备忘录，两国军队将举行联合军训，并开展军事工业合作。两国海军也会阻止越南渔民越界前往马来西亚海域捕鱼，并控制海盗活动。