1997年亚洲金融危机爆发，1998年印尼苏哈托政权下台。1999年1月，印尼总统哈比比同意东帝汶通过全民公决选择自治或脱离印尼。5月5日，印尼、葡萄牙和联合国三方就东帝汶举行全民公决签署协议。6月11日，联合国安理会通过决议成立联合国驻东帝汶特派团（UnitedNationsMissioninEastTimor），于8月30日主持东帝汶全民公决。东帝汶45万登记选民中，约44万人参加了投票，其中78.5%赞成独立。哈比比总统当日表示接受投票结果。投票后亲印尼派与独立派发生流血冲突，东帝汶局势恶化，联合国特派团被迫撤出，约20多万难民逃至西帝汶。9月，哈比比总统宣布同意多国部队进驻东帝汶。安理会通过决议授权成立由澳大利亚为首的约8000人组成的多国部队于9月20日正式进驻东帝汶，与印尼驻军进行权力移交。10月，印尼人民协商会议通过决议正式批准东帝汶退出印尼。同月，安理会通过第1272号决议，决定成立联合国东帝汶过渡行政当局，全面接管东帝汶内外事务。