莫切文明在公元1000年达到鼎盛时期，他们以灌溉系统为干旱地区施肥、精致的陶器、高耸的建筑和精巧的金属制品而闻名。奇穆人是前印加城市的建设者，松散的奇穆部落联盟定居在秘鲁北部海岸，大约在1140年到1450年间繁荣兴盛。他们的首都位于现代特鲁希略外的Chan Chan。在秘鲁和玻利维亚的喀喀湖高地附近是Tiahuanaco文明。公元500年至1000年间，在现今的阿亚库乔市附近瓦里文明发展了大型城市定居点和范围广泛的国家体系。
前哥伦布时期秘鲁的标志性事件是15世纪的印加帝国发展成为一个强大国家。在一个世纪的时间里，以库斯科为首都，形成了前哥伦布美洲最大的帝国。库斯科的印加人最初只是一个相对较小的少数民族，他们使用盖丘亚语。从13世纪开始，印加帝国就逐渐扩张并吞并周围地区，但直到大约十五世纪中叶，印加帝国的扩张一直很缓慢。后来扩张的步伐开始加快，尤其是在皇帝帕查库提( Pachacuti)的统治下。在他和他的儿子Topa Inca Yupanqui的统治下，印加人开始控制安第斯地区的大部分地区，他们统治下的居民人口为9至1600万。帕查库提还颁布了一套综合性的法律来管理他广阔的帝国，同时巩固他作为太阳神的绝对世俗和精神权威。从1438年开始，印加人使用了从武力征服到hepingyanbian的各种方法，将南美洲西部的大部分地区并入印加帝国。到1533年，印加人建立了以安第斯山脉为依托，从哥伦比亚南部到智利北部，西临太平洋，东到亚马逊雨林的庞大帝国。虽然有数百种地方语言和方言被使用，但印加帝国的官方语言是克丘亚语。印加人称他们的帝国为Tawantinsuyu，可以翻译为“四个地区”或“四省联盟”。许多地方性宗教在印加帝国中持续存在，其中大部分与地方神圣的Huacas有关，但印加领导层鼓励崇拜太阳神Inti并将其主权置于Pachamama等其他地方宗教之上。印加人认为他们的国王是“太阳之子”。
征服和殖民时期
阿塔瓦尔帕是最后一位印加国王，他在他父王Huayna Capac去世后引发的内战中击败并处决了他的同父异母兄弟Huáscar而成为新国王。1532年12月，一群西班牙征服者（Chankas 、Huancas 、Cañaris和Chachapoyasas Indian auxiliary)率领的殖民军在卡哈马卡战役中打败并俘虏了印加国王阿塔瓦尔帕。征服秘鲁是西班牙殖民美洲最重要的标志性事件之一。经过多年的探索和战争，以西班牙人的胜利和该地区的殖民化告终。1572年，西班牙人在比尔卡班巴( Vilcabamba)消灭了新印加国，最后一次印加抵抗运动被镇压。
由于西班牙人引入的流行病以及残酷的剥削，土著印第安人口急剧减少。总督弗朗西斯科·德·托莱多( Francisco de Toledo)于1570年代重组国家，以金银开采为主要经济活动，美洲印第安人被迫作为其主要劳动力。随着在波托西（今玻利维亚）和万卡维利卡发现大量银矿和金矿，总督辖区作为重要的矿产资源提供者而蓬勃发展。秘鲁金条为西班牙王室带来了丰厚的收入并推动了复杂的贸易网络远达欧洲和菲律宾。巴拿马总督唐·塞巴斯蒂安·乌尔塔多·德科尔库埃拉( Don Sebastian Hurtado de Corcuera)还负责管理菲律宾的三宝颜市，该市的秘鲁士兵和殖民者讲西班牙语和克里奥尔语。由于缺乏可用的劳动力，非洲奴隶被添加到劳动力人口中。殖民地行政机构和官僚机构的扩张与经济重组同步进行。随着基督教在南美洲的传播，只经过一代人的时间，大多数印第安人都被迫皈依了天主教。西班牙人在每个城市都建造了教堂，并用教堂取代了印加神庙，例如库斯科市的Coricancha。基督天主教会雇用了宗教裁判所，利用酷刑来确保新皈依的天主教徒不改信其他宗教。秘鲁天主教遵循许多拉丁美洲国家的混合主义，其中宗教本土仪式与基督教庆祝活动相结合。在接下来的时间里，基督天主教会开始在当地人的文化生活中发挥重要作用，当地人逐渐融入西班牙人的文化圈里。
18世纪，白银产量下降和经济多元化大大减少了西班牙王室收入。作为回应，王室颁布了波旁改革，这是一系列增加税收和划分总督辖区的法令。新法律激起了图帕克·阿马鲁二世(Túpac Amaru II)起义，但被镇压了。西班牙人和他们的克里奥尔继承人开始垄断对这片土地的控制权，他们夺取了许多因当地人口大量减少而遗弃的肥沃土地。然而，西班牙人并没有反抗巴西葡萄牙人横跨子午线的扩张。托尔德西利亚斯条约在1580年至1640年间变得毫无意义。
西班牙为了简化当地贸易，秘鲁总督辖区开始分裂，最后以牺牲秘鲁总督辖区的领土为代价的新格拉纳达和拉普拉塔河总督辖区建立。这削弱了利马作为总督首府的权力、声望和重要性，并将利润丰厚的安第斯山脉贸易转移到布宜诺斯艾利斯和波哥大，而采矿和纺织生产的衰落加速了秘鲁总督辖区的衰落。
最终，当19世纪初民族独立运动爆发时，秘鲁总督辖区很快就解体了，西班牙的绝大部分其他海外殖民地也纷纷独立。这些民族独立运动导致南美洲大多数现代国家的形成。征服和殖民带来了西班牙人征服秘鲁领土之前不存在的文明和种族的融合。尽管印加文明已经消失，但新的文明正在展现，这就是多民族融合的秘鲁文明。秘鲁最重要的两次印第安土著叛乱是1742年胡安·桑托斯·阿塔瓦尔帕(JuanSantosAtahualpa)大起义和1780年库斯科高地附近的图帕克·阿马鲁二世( Túpac Amaru II)大起义。
独立
19世纪初，当大多数南美洲国家被独立战争席卷时，秘鲁仍然是保皇党的据点。由于精英阶层在独立和忠于西班牙君主制之间摇摆不定，只有何塞·德·圣马丁和西蒙·玻利瓦尔坚持独立运动。
经济危机、西班牙在欧洲的权力丧失、北美的独立战争和土著起义都为南美洲克里奥洛人的解放思想创造了有利的环境。 然而，秘鲁的克里奥尔寡头却享有特权并一直忠于西班牙王室。由于西班牙政府失去对其殖民地的权威，独立运动始于阿根廷，自治军政府成立。
在争取拉普拉塔总督辖区的独立后，何塞·德·圣马丁创建了安第斯军队，并在21天内渡过了安第斯山脉。一到智利，他就与智利陆军将军贝尔纳多·奥希金斯联手，并于1818年在查卡布科和迈普战役中解放了该国。1820年9月7日，一支由八艘军舰组成的舰队在何塞·德·圣马丁将军和在智利海军服役的托马斯·科克伦将军的指挥下抵达帕拉卡斯港。10月26日，他们立即控制了皮斯科镇。 圣马丁于11月12日在瓦乔定居，在那里他建立了总部，而科克伦则向北航行并封锁了利马的卡亚俄港。与此同时，在北部，瓜亚基尔被格雷戈里奥·埃斯科韦多指挥的叛军占领。因为秘鲁是作为西班牙政府在南美洲的大本营，圣马丁解放秘鲁的策略是通过外交手段。他派代表前往利马，敦促总督授予秘鲁独立，但所有谈判均以失败告终。
秘鲁总督华金·德拉·帕苏埃拉( Joaquín de la Pazuela )任命何塞·德拉塞尔纳( José de la Serna)为保皇派军队的总司令，以保护利马免受圣马丁入侵的威胁。1月29日，德拉塞尔纳粉碎了一场针对德拉塞尔纳的政变，该政变得到了西班牙的承认，他被任命为秘鲁总督。这场内部权力斗争促成了秘鲁独立的成功。为避免军事冲突，圣马丁会见了新上任的总督何塞·德拉塞尔纳，并提议建立君主立宪制，该提议被否决。德拉塞尔纳放弃了这座城市，1821年7月12日，圣马丁占领了利马，并于1821年7月28日宣布秘鲁独立。他创造了第一面秘鲁国旗。上秘鲁（玻利维亚）一直是西班牙的据点，直到西蒙·玻利瓦尔( SimónBolívar)的军队三年将其解放之后。何塞·德·圣马丁被宣布为秘鲁的保护者。秘鲁的民族认同是在这一时期形成的，因为玻利瓦尔建立拉丁美洲联邦的项目陷入困境，与玻利维亚的联盟被证明是短暂的。
西蒙·玻利瓦尔从北方发起战役，在1821年的卡拉沃沃战役和一年后的皮钦查战役中解放了新格拉纳达的总督辖区。1822年7月，玻利瓦尔和圣马丁齐聚瓜亚基尔会议。玻利瓦尔负责完全解放秘鲁，而圣马丁在第一届议会成立后退出政坛。新成立的秘鲁国会任命玻利瓦尔为秘鲁独裁者，赋予他组织军队的权力。
在安东尼奥若泽德苏克雷的帮助下，他们在1824年8月6日的胡宁战役和同年12月9日的决定性阿亚库乔战役中击败了规模更大的西班牙军队，巩固了秘鲁和上秘鲁的独立。上秘鲁后来成立为玻利维亚。共和国初期，军事领导人之间普遍存在的权力斗争导致了国家政局动荡。
近代秘鲁
从1840年代到1860年代，秘鲁在拉蒙·卡斯蒂利亚(RamónCastilla)任总统期间享受了一段时间的稳定，通过鸟粪出口增加了国家收入。然而，到了1870年代，这些鸟粪资源已经枯竭，国家负债累累，政治内斗再次上演。接下来秘鲁开始了一项铁路建设计划，该计划直接导致秘鲁破产。
1879年，秘鲁参加了一直持续到1884年的太平洋战争。玻利维亚援引与秘鲁的联盟来对抗智利。秘鲁政府试图通过派遣外交团队与智利政府谈判来调解争端，但委员会的结论是战争是不可避免的。智利于1879年4月5日宣战。近五年的战争以失去塔拉帕卡省以及阿塔卡马地区的塔克纳省和阿里卡省而告终。整个战争中两位杰出的军事领袖是弗朗西斯科·博洛涅西和米格尔·格劳。原为智利承诺在数年后对阿里卡和塔克纳市举行全民公决，以自行决定它们的民族归属。然而，智利拒绝适用该条约，两国都无法确定法定框架。太平洋战争结束后，一项非凡的重建工作开始了。政府开始启动一系列社会和经济改革，以从战争的破坏中恢复过来。直到1900年代初才实现政治稳定。