在印加人到来之前，不同的民族已经在未来的厄瓜多尔地区定居。考古证据表明，古印第安人首次向美洲扩散是在末次冰河期末期，大约在16500至13000年前。第一个到达厄瓜多尔的印第安人可能是从北美和中美洲经陆路或乘船沿太平洋海岸线航行。很久以后移民到厄瓜多尔可能是通过亚马逊支流，其他人从南美洲北部后裔，还有一些人从南美洲南部穿过安第斯山脉。他们发展出不同的语言，同时成为独特的族群。
尽管他们的语言不相关，但这些群体发展出相似的文化群体，每个文化群体都基于不同的环境。沿海地区的人们发展了捕鱼、狩猎和采集文化；安第斯高地的人们发展了久坐不动的农业生活方式，人们亚马逊盆地的人发展出游牧狩猎采集的生存模式。
随着时间的推移，这些群体开始相互影响和融合，以至于一个地区的家庭群体成为一个社区或部落，具有相似的语言和文化。厄瓜多尔兴起了许多文明，如沿海的瓦尔迪维亚文化和马查利亚文化，基图斯（今基多附近）和卡纳里（今昆卡附近）。每个文明都发展了自己独特的建筑、陶器和宗教兴趣。
在高原安第斯山脉，那里的生活更为安定，部落群体合作并形成了村庄。因此，第一批以农业资源和动物驯化为基础的民族形成了。最终，通过他们领导人的战争和婚姻联盟，形成了一个国家集团联合会。一个地区在一个名为Shyris的联盟下合并，该联盟在不同地区之间进行有组织的贸易和易货贸易。它的政治和军事权力都在杜奇塞拉血统的统治之下。
印加时代
当印加人到达时，他们发现这些联盟非常发达，以至于印加人经过两代统治者——托帕·印加·尤潘基和瓦伊纳·卡帕克——才将他们并入印加帝国。给他们带来最多问题的原住minlian合会被驱逐到遥远的地区，如秘鲁、玻利维亚和阿根廷北部。同样，一些来自秘鲁和玻利维亚的忠诚的印加臣民被带到厄瓜多尔以防止叛乱。因此，厄瓜多尔高地地区于1463年成为印加帝国的一部分，使用相同的语言。
相比之下，当印加人入侵厄瓜多尔沿海和厄瓜多尔的亚马逊东部丛林时，他们发现环境和土著人民都更加敌对。此外，当印加人试图制服他们时，这些土著人撤退到内地，诉诸游击策略。结果，印加人向亚马逊盆地和厄瓜多尔太平洋沿岸的扩张受到阻碍。在西班牙士兵和传教士大举抵达之前，亚马逊丛林和厄瓜多尔沿海地区的土著居民保持相对自治。厄瓜多尔沿海地区是唯一抵抗印加和西班牙统治的群体，他们的语言和文化一直保持到21世纪。
在西班牙人到来之前，印加帝国正处于内战之中。继承人尼南·库奇(Ninan Cuchi )和皇帝华纳·卡帕克( Huayna Capac)都死于一种蔓延到厄瓜多尔的欧洲疾病，造成了两个派系之间的权力真空。北方派为首阿塔瓦尔帕声称皇帝华纳·卡帕克在他死前就如何划分帝国给出了口头法令。他将今厄瓜多尔和秘鲁北部的领土交给了他最宠爱的儿子阿塔瓦尔帕，后者将在基多进行统治。他把剩下的给了瓦斯卡，从库斯科统治。他立下遗嘱，将自己的心脏安葬在他最喜欢的城市基多，而将身体的其余部分安葬在库斯科的祖先身边。
瓦斯卡不承认他父亲的遗嘱，因为它没有遵循印加人通过祭司命名印加人的传统。瓦斯卡命令阿塔瓦尔帕参加他们在库斯科举行的父亲葬礼，并向他作为新的印加皇帝表示敬意。阿塔瓦尔帕和他父亲的将军们决定无视瓦斯卡，内战随之而来。发生了许多血腥的战斗，直到最终俘虏了瓦斯卡 。阿塔瓦尔帕向南进军库斯科，屠杀了与其兄弟有关联的王室。
1532年，一小队以弗朗西斯科·皮萨罗为首的西班牙人在通贝斯登陆，并翻越安第斯山脉，直到他们到达卡哈马卡，新的印加皇帝阿塔瓦尔帕将在那里与他们会面。牧师巴尔韦德试图说服阿塔瓦尔帕加入天主教会并宣布自己是西班牙的附庸。这激怒了阿塔瓦尔帕，他把圣经扔在地上。此时，愤怒的西班牙人奉巴尔韦德的命令，袭击并屠杀了印加帝国手无寸铁的护卫队，并俘虏了印加皇帝阿塔瓦尔帕。皮萨罗答应如果阿塔瓦尔帕兑现了用金子装满房间的承诺，就释放他。但是，在模拟审判之后，西班牙人通过绞刑处决了印加皇帝阿塔瓦尔帕。
西班牙统治
新的传染病，如欧洲流行的天花，在西班牙统治的头几十年导致美洲印第安人死亡，因为他们没有免疫力。与此同时，当地人被迫进入西班牙人的雇佣劳动制度。在1563年，基多成为西班牙真正的audiencia（行政区）所在地，并成为秘鲁总督辖区的一部分，后来成为新格拉纳达总督辖区。
亚历山大·冯·洪堡(AlexandervonHumboldt)在1801年至1802年访问该地区时研究了1797年里奥班巴地震，该地震造成多达40000人伤亡。
在西班牙统治近300年之后，基多仍然是一个只有10000名居民的小城市。1809年8月10日，该市的克里奥洛人呼吁从西班牙独立（这是拉丁美洲人民中的第一个）。他们由Juan Pío Montúfar 、Quiroga、Salinas和Bishop Cuero领导凯塞多。基多的绰号是“ Luz deAmérica ” （“美洲之光”），是因为它在争取建立一个独立的地方政府方面发挥了主导作用。新政府虽然执政不到两个月，却产生了重要的反响，对独立运动起到了鼓舞作用西班牙美洲的其他地区。8月10日现在被定为独立日，国定假日。
独立
“瓜亚基尔会议”是两个主要的西班牙裔南美独立领导人之间的会议。其中讨论了新生国家的政府形式，圣马丁选择了君主制形式的统一南美洲，而玻利瓦尔选择了同样的形式但进入共和国。
1820年10月9日，瓜亚基尔省成为厄瓜多尔第一个脱离西班牙独立的领土，并催生了厄瓜多尔大部分沿海省份，建立了独立国家。它的居民庆祝现在厄瓜多尔的官方独立日1822年5月24日。安东尼奥若泽德苏克雷在基多附近的皮钦查战役中击败西班牙保皇党军队后，厄瓜多尔其他地区获得独立。战斗结束后，厄瓜多尔加入了西蒙·玻利瓦尔的大哥伦比亚共和国，该共和国还包括现代的哥伦比亚、委内瑞拉和巴拿马。1830年，厄瓜多尔脱离大哥伦比亚，成为一个独立的共和国。
19世纪的特点是厄瓜多尔不稳定，统治者迅速更替。厄瓜多尔的第一任总统是出生于委内瑞拉的胡安·何塞·弗洛雷斯，他最终被罢免，随后几位独裁领导人如维森特·罗卡富尔特；何塞·华金·德·奥尔梅多；何塞·玛丽亚·乌尔维纳；迭戈·诺波亚；佩德罗若泽德阿尔特塔；曼努埃尔·德·阿斯卡苏比；和弗洛雷斯自己的儿子安东尼奥·弗洛雷斯·吉洪( Antonio FloresJijón)等。保守派加布里埃尔·加西亚·莫雷诺( Gabriel Garcia Moreno)在罗马天主教会的支持下于1860年代统一了该国。在19世纪后期，世界对可可的需求与经济挂钩商品出口，并导致从高地向沿海农业前沿地区迁移。