日耳曼人入侵
259年，一支日耳曼人的部落联盟渡过莱茵河，攻克了帝国瑞士的北部边塞，从此罗马瑞士进入了战乱的年代，直到公元401年帝国军队撤出了阿尔卑斯山以北地区。从此日耳曼人统治瑞士的时代开始了。
日耳曼人统治的瑞士大体可以分为东西两个部分，西部由勃艮第部落联盟统治，他们人口数量少，文化落后在占领瑞士之后接受了当地的罗马－凯尔特人语言和文化传统；中部和东部由阿勒曼尼部落联盟统治，他们所占领的是瑞士山区和罗马化程度较低的区域，在那里日耳曼语言取得了胜利，这种东西分治也是如今瑞士法语区和德语区的雏形。
日耳曼人治下的瑞士地区先后产生了很多小的王国，这些王国相互征伐，最终于536年统一于法兰克王国，公元843年，根据瓜分查理大帝的法兰克王国的凡尔登条约，瑞士再度分裂，分属中法兰克王国和东法兰克王国。
1033年，分裂的瑞士再度归于统一的神圣罗马帝国治下，由于神圣罗马帝国皇帝和罗马教皇之间的权力斗争，德意志王权衰落，各地方诸侯势力上升，各路诸侯为了扩展自己的势力，建立了大批城市，在今天瑞士的区域，策林根家族推动建立了众多的城市，形成了瑞士特有的城镇自治体制。为日后瑞士邦联的建立埋下了伏笔。
瑞士联盟
旧瑞士邦联为阿尔卑斯山中部的河谷社群的结盟，邦联用以维护共同贸易利益及确保重要山区贸易和平。乌里、施维茨及下瓦尔登于1291年签署的《永久同盟誓约》被认为是邦联建立的最初文件，然而，在其数十年前可能存在类似同盟。
至1353年，最初的三森林州已与格拉鲁斯州、楚格州、卢塞恩、苏黎世及伯尔尼等州结盟，邦联扩张后，权力及财富皆有所增加，此后至15世纪末期才有新州加入联邦。邦联在森帕赫战役（BattleofSempach）及奈弗尔斯战役（BattleofNäfels）中对哈布斯堡作战胜利，至1460年已控制汝拉山脉至阿尔卑斯山间的大部分地区。而后于1470年代以瑞士佣兵协助打败勃艮第公国大胆的查理。瑞士于1499年在施瓦本战争战胜马克西米利安一世后，各州获得神圣罗马帝国皇帝所默许的自治权，神圣罗马帝国几乎被迫承认瑞士独立自主。
瑞士邦联在战争中取得辉煌战果，因而其善战名声闻名于欧洲。邦联的领土扩张仅于马里尼亚诺战役遭受挫败，也终结了瑞士历史上的英勇时代，邦联自此放弃以武力扩张领土。茨温利在瑞士北部州成功进行宗教改革，但却引发各州间的宗教冲突，并于1529年及1531年爆发两次卡珀尔战争（WarsofKappel）。于1648年欧洲各国签定威斯特伐利亚和约，承认瑞士为一独立国家并确认其为中立国。
三十年战争结束后，由于经济困难、贵族垄断政权且滥用特权，而于1653年爆发农民起义。至18世纪，天主教及新教各州的冲突仍然存在，于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役（BattlesofVillmergen），第一次天主教各州战胜，第二次则由新教各州战胜，伯尔尼及苏黎世两州的政治影响力则与其经济实力相符。
宗教改革时期
16世纪的宗教改革运动在瑞士广泛兴起，产生了不可磨灭的影响。
茨温利以苏黎世为中心，宣传宗教改革，在1523年在苏黎世确立了基督教新教的优势地位。之后加尔文在日内瓦进行宗教改革。由于宗教的分裂与经济利益的不同，不同州的态度也不同。
1531年，在卡贝尔的宗教武力冲突中，茨温利战死。
1532年，宗教改革扩散到瑞士全境，而后走出瑞士，传遍欧洲。
拿破仑时期
法国政府征服瑞士并起草统一的宪法，并将政府体制改为中央集权，原属瑞士邦联的米卢斯及瓦尔泰利纳则分别被划入法国及奇萨尔皮纳共和国。法国占领期间，瑞士改名为赫尔维蒂共和国，但此外来势力所建立的共和国与瑞士各州高度独立的传统相违背。在此期间，瑞士仅是法国的附庸国。法国军队镇压与当地人民反抗引发如下瓦尔登州的“恐怖日”暴动。
在俄罗斯及奥地利对法国发动的战争中，瑞士人拒绝以赫尔维蒂共和国的名义为法国军队作战。赫尔维蒂共和国的新政府中主张国家中央集权的中央集权派及恢复旧邦联体制的联邦派也有所纷争，拿破仑于1803年招集双方在巴黎进行调解，各党派无异议通过《调停法案》（Actedemédiation），恢复各州自治及邦联体制。