国家商船队主要承担至阿根廷和乌拉圭的短途河运。巴拉圭海外船运公司有班轮通往美国和欧洲一些主要港口。巴拉圭现有公共港口8个，私人港口44个。主要港口情况如下。
【亚松森港】
位于巴拉圭沿岸河，年吞吐量40万吨，全年可通航，深度不少于9英尺，雨季可达11英尺。
【维耶塔港】
位于巴拉圭河沿岸，是大宗货物集散港，全年吞吐量70万吨。
【康塞普西翁港】
位于巴拉圭河沿岸，是连接该国东西部的重要港口。距首都亚松森市300公里，为大宗货物集散港口。
【东方市港】
位于巴拉那河沿岸，与巴西相邻，全年吞吐量200万吨。
【英格纳松港】
位于巴拉那河沿岸，与阿根廷相邻，全年吞吐量100万吨，是该国出口黄豆、木材的重要港口。
空运
巴拉圭有15个机场具备正规跑道，785个机场不具备正规跑道。巴拉圭拥有4个国际机场，分别位于亚松森（SilvioPettirossi国际机场，年客运吞吐量约100万人次）、东方市（小机场，有国际航班经停）、马里斯卡（小机场，主营国内的airtaxi）和佩德罗胡安市（小机场，主营国内的airtaxi）。
巴拉圭航空公司（LAPSA）原为国营公司，1994年政府出售其80%的股份。该公司有定期航班通往阿根廷、乌拉圭、巴西、玻利维亚、比利时和美国。
从首都亚松森SilvioPettirossi国际机场飞往其他国际城市的主要航线有：布宜诺斯艾利斯（阿根廷航空）、蒙得维的亚、圣克鲁斯（亚马逊航空）、秘鲁利马（Avianca）、巴拉圭拿马城（Copa）、圣保罗（Gol），以及LATAM航空开设的布宜诺斯艾利斯、东方市、利马、圣克鲁斯、智利圣地亚哥、圣保罗等航线。
中巴之间无直达航线，可乘坐汉莎航空的北京/上海—德国—阿根廷—亚松森航线，或乘坐阿联酋航空的北京/上海—迪拜—圣保罗—亚松森航线。
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