室町幕府
足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，他统一了以后，曾企图篡夺皇位。但在他死后，第四代将军足利义持阻止了此事。由于当初足利氏为了对付南朝，必须于京都开设幕府，而在镰仓设公方府，引来了关东大乱。
在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此幕府的权威日下。原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，称为战国时代。
安土桃山时代
天正元年（1573年），织田信长放逐了末代将军足利义昭，足利幕府宣告灭亡。织田信长逐渐成为全国最强大的军事首领，并开始积极拓展统治版图，直到天正十年（1582年）消灭甲斐大名武田氏为止，已几乎完全控制近畿与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方，此时的全国实际政治中心也转移到安土城的织田氏手上。同年，部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长切腹自尽（或说失踪），其长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后切腹自尽，整个织田氏顿时陷入混乱。
1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始进行统一全国的计划。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，1598年，丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。
江户幕府（德川幕府）
1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，于江户设置了江户幕府。政治一安定经济也跟着发展，在德川纲吉时代经济良好，商人与町人盛行元禄文化。江户时代中期，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革暂时恢复了财政，却又再度恶化。
幕府末年被欧美各国逼迫开国，经由马修·培里来航而签下了日美神奈川条约等不平等条约使得锁国政策崩裂。随着开国与尊王攘夷思想强盛，幕府大老遇刺身亡与萨英战争都令幕府的权威一落千丈，最终末代将军德川庆喜先后把政权与领地交还朝廷。
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