1803年1月，托马斯·杰斐逊就派遣梅里韦瑟·刘易斯和威廉·克拉克组织西部探险一事向国会提出特别说明。5月，美法在巴黎签署《路易斯安那条约》，美国从法国手中购得路易斯安纳。7月，拟就购买路易斯安纳提出宪法修正案。10月，向国会提交第三个国会咨文。随后，《路易斯安那条约》得到参议院批准。
1804年12月，托马斯·杰斐逊再次当选为美国总统。
1805年3月4日，托马斯·杰斐逊宣誓就任美国总统。
1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕前副总统阿伦·伯尔的公告。
1807年1月，托马斯·杰斐逊再次当选为美国哲学学会zhuxi。3月，签署禁止贩卖奴隶的法案。7月，颁布反对英国战舰的公告。12月，签署《禁运法》。
创建大学
1809年，蒙蒂塞洛庄园建成。同年3月，托马斯·杰斐逊隐退，3月15日回到蒙蒂塞洛。
1811年1月，托马斯·杰斐逊为美国农业协会起草工作计划。
1814年，托马斯·杰斐逊把私人藏书7000册作价卖给美国国家图书馆。
1815年1月，托马斯·杰斐逊提出弗吉尼亚大学纲要。
1819年1月，弗吉尼亚议会通过创办弗吉尼亚大学决议。3月，托马斯·杰斐逊当选为弗吉尼亚大学校长，他亲自设计了第一批校舍，并派人去欧洲延聘教授，设法筹措经费。
1824年5月，弗吉尼亚大学建成开学。
1826年3月，托马斯·杰斐逊立下遗嘱。6月24日，谢绝了参加7月4日国庆的邀请。7月4日，托马斯·杰斐逊于蒙蒂塞洛去世，享年83岁。
为政举措：
政治
反对总统连任
托马斯·杰斐逊担心总统权力过大会危及三权制衡，他担心总统连任会使民主共和制名存实亡，总统“一旦上了台，掌拥了联邦军权，没有议会的制约，很难把他撵下台，哪怕你能说服人民不投他的票。我但愿总统四年任期满后永远无资格第二次连任。“因此，他反对总统连任，后来做出让步，同意可连选连任，但只能连任一次。1808年他在自己连任总统两届后主动辞退，继华盛顿之后又一个任总统不超过两届的范例。1951年通过的美国宪法第22条修正案使杰斐逊的设想变成现实。
起诉前副总统