副总统伯尔叛国案
美国前副总统阿伦·伯尔野心勃勃，很早就已经有了一个西进计划，企图占领得克萨斯、新墨西哥及西班牙在南美洲的领地，阴谋败露，1806年11月，托马斯·杰斐逊颁布逮捕阿伦·伯尔的公告。1807年，杰斐逊政府以叛国罪起诉伯尔。虽然伯尔被指控叛国，但杰斐逊政府始终没有找到足够的证据。伯尔要求杰斐逊总统出庭，递交一些相关的军事文件。让总统出庭作证，在美国历史上这是第一次。于是，主审的联邦法官约翰·马歇尔给杰斐逊下了传票。马歇尔认为，“在法律的眼中，总统和其他任何美国公民没有差别“。杰斐逊不予理睬。最终，马歇尔指出政府对伯尔的起诉不够磊落，并没有足够的证人证明伯尔曾经出现在策划阴谋叛乱的现场，伯尔被无罪释放。
探索西部
刘易斯与克拉克远征
1803年，美国从法国手中购买了路易斯安那，在加拿大的英国人和还占据着德克萨斯和西南部地区的西班牙人仍在觊觎路易斯安那，而生活在东海岸地区的人们对中西部的地理、环境、水路河道的认识也很有限。因此，为了评估新疆域土地开发的商业价值、区域内动植物的数量种类、道路交通、居民分布等，找到通往太平洋的西北河流通道，杰斐逊总统派遣美军上尉梅里韦瑟·刘易斯和青年军官威廉·克拉克率领探险队向西部探索。这是美国政府组织的19世纪规模最大、时间最长的首次进入北美西部的探索和考察，长达两年零四个月，来回覆盖从密苏里河至哥伦比亚河的7689英里。探险队搜集了美国西部天文、地理的大量一手资料，绘制了西部河流、山脉的地形图;调查了西部太平洋沿岸的印第安部落情况，与沿途的印第安人部落建立起一定的联系，为美国的西进运动做了准备。