公路
巴拿马国内交通以公路为主。公路总长约为16366公里，以沥青路面、简单铺装路面及泥土路面为主。最重要的公路有两条，即巴拿马城至科隆市的跨地峡公路和巴拿马城通往哥斯达黎加边界的泛美公路。
铁路
【铁路】全国共有三条铁路线，总长度79公里，主要用于协助运河通行。
【地铁】首都巴拿马城现有两条地铁线路在运营。2019年，韩国现代与浦项联营体中标巴拿马城地铁三号线。
水运
巴拿马是海运大国。巴拿马运河连接大西洋和太平洋，全世界约5%的贸易货运经由巴拿马运河。巴拿马是世界上最大的船旗国，截至2020年末，全世界共有8516艘船舶（约占全球远洋船只的17%）在巴拿马注册，总载重量2.3亿吨，同比增长6.22%，均居世界首位。
曼萨尼略港、香港和记黄埔集团巴拿马港口公司经营的克里斯托瓦尔港和巴波亚港、台湾长荣公司经营的科隆集装箱码头和新加坡港务局PSA国际码头是巴拿马最主要的5个港口。2020年巴拿马各港口货物吞吐量1.02亿公吨，同比增加9.8%；集装箱吞吐量达到773.4万标准集装箱，同比增长5.3%。根据联合国拉丁美洲和加勒比经济委员会（CEPAL）的统计数据，2020年巴拿马加勒比沿岸港口群（包括科隆港、克里斯托瓦尔港和曼萨尼略港）的集装箱吞吐量在拉丁美洲居首位，太平洋沿岸港口群（包括巴波亚港和新加坡港务局PSA国际码头）位居第三位。