1924年7月21日，厄瓜多尔和秘鲁签署了庞塞-卡斯特罗奥扬古伦议定书，双方同意进行直接谈判，以公平的方式解决争端，并将争端的不同点提交美国仲裁。之间的谈判厄瓜多尔和秘鲁代表于1935年9月30日在华盛顿开始谈判。这些谈判漫长而令人厌烦。双方都顺理成章地陈述了自己的论点，但似乎没有人放弃自己的主张。然后在1937年2月6日，厄瓜多尔提出了一项被秘鲁拒绝的交易额度第二天。在接下来的7个月里，谈判变成了激烈的争论，最终在1937年9月29日，秘鲁代表决定中断谈判而不将争端提交仲裁，因为直接谈判无处可去。
四年后的1941年，在扎鲁米拉河(ZarumillaRiver)周围有争议的领土内紧张局势迅速加剧的情况下，与秘鲁爆发了战争。秘鲁声称厄瓜多尔在秘鲁宣称拥有主权的领土上的军事存在是一种入侵；厄瓜多尔则声称，秘鲁最近在Zarumilla河和秘鲁自厄瓜多尔从西班牙独立以来，系统地占领了Tumbez、Jaen以及Putomayo和Marañon河之间的亚马逊盆地的大部分有争议的领土。1941年7月，两国都动员了军队。秘鲁有一支11,681人的军队2,300人的厄瓜多尔部队补给不足且武装不足，其中只有1,300人部署在南部省份。1941年7月5日爆发了敌对行动，当时秘鲁军队在几个地点越过Zarumilla河，考验了厄瓜多尔边境部队。最后，在1941年7月23日，秘鲁人发动了大规模入侵，强行渡过Zarumilla河并挺进厄瓜多尔的ElOro省。
厄秘鲁战争期间，秘鲁控制了部分争议领土、埃尔奥罗省部分地区和洛哈省部分地区，要求厄瓜多尔政府放弃领土要求。秘鲁海军封锁了瓜亚基尔港，几乎切断了厄瓜多尔军队的所有补给。经过几周的战争，在美国和几个拉丁美洲国家的压力下，所有的战斗都停止了。厄瓜多尔和秘鲁达成了一项在里约议定书中正式确定的协议，1942年1月29日签署，支持半球统一反对二战中的轴心国，有利于秘鲁及其在战争结束时占领的领土。
1944年的光荣五月革命是在军民叛乱和随后的公民罢工之后发生的，罢工成功地将卡洛斯·阿罗约·德尔里奥从厄瓜多尔政府中赶下台。然而，第二次世界大战后的经济衰退和民众动荡导致民粹主义政治和国内政治回归1960年代的军事干预，而外国公司则在厄瓜多尔亚马逊开发石油资源。1972年，安第斯管道建成。这条管道将石油从安第斯山脉东侧输送到海岸，使厄瓜多尔成为南美第二大石油出口国。然而，厄瓜多尔南部的管道并没有解决厄瓜多尔和秘鲁之间的紧张局势。
《里约议定书》未能准确解决厄瓜多尔南部偏远的科迪勒拉德尔康多地区一条小河沿线的边界问题。这引起了厄瓜多尔和秘鲁之间酝酿已久的争端，最终导致了两国之间的战斗；首先是1月至2月的边界冲突1981年被称为Paquisha事件，最终在1995年1月爆发了全面战争，厄瓜多尔军队击落了秘鲁飞机和直升机，秘鲁步兵进军厄瓜多尔南部。每个国家都将敌对行动的发生归咎于对方，这就是众所周知的塞内帕战争。厄瓜多尔总统西斯托·杜兰·巴伦(SixtoDuránBallén)曾著名地宣称，他不会放弃厄瓜多尔的一厘米。厄瓜多尔的民众情绪变得强烈反对秘鲁：在基多的墙上可以看到涂鸦，称秘鲁为“拉丁美洲的该隐”，在创世记中提到亚伯被他的兄弟该隐谋杀。
厄瓜多尔和秘鲁于1998年10月26日签署了巴西利亚总统法案和平协议，结束了敌对行动，有效地结束了西半球持续时间最长的领土争端。里约议定书的担保国（阿根廷、巴西、智利和美利坚合众国）裁定未划定区域的边界将设置在科迪勒拉德尔康多尔的线上。虽然厄瓜多尔不得不放弃其几十年来对科迪勒拉山脉东坡以及塞内帕源头整个西部地区的领土要求，秘鲁被迫以永久租约但没有主权的方式向厄瓜多尔提供1平方公里（0.39平方英里）的领土，该地区位于厄瓜多尔蒂温扎基地——战争的焦点——位于秘鲁领土内，厄瓜多尔军队在此期间举行冲突。最终边界划分于1999年5月13日生效，多国MOMEP（厄瓜多尔和秘鲁军事观察团）部队部署于1999年6月17日撤出。
军政府（1972–79）
1972年，“革命和民族主义”军政府推翻了贝拉斯科·伊瓦拉政府。政变由吉列尔莫·罗德里格斯将军领导，由海军指挥官豪尔赫·奎罗洛·G处决。新总统将何塞·玛丽亚·贝拉斯科流放到阿根廷。他一直掌权到1976年，当他被另一个军政府撤职时。该军政府由海军上将阿尔弗雷多·波韦达领导，他被宣布为最高委员会zhuxi。最高委员会包括另外两名成员：GuillermoDuránArcentales将军和LuisLeoroFranco将军。公民社会越来越多_更坚决地呼吁进行民主选举。政府部长黎塞留·勒沃耶上校提出并实施了一项通过普选回归宪政的计划。该计划使新的民选总统能够承担行政办公室的职责。