1829年2月27日，在安东尼奥·何塞·德·苏克雷(AntonioJosédeSucre)率领的塔尔基战役中，一支人数远远超过南方大哥伦比亚军队的胜利结束了战争，击败了拉马尔(LaMar)总统率领的秘鲁入侵部队。这次失败导致了《条约》的签署瓜亚基尔日期为9月1829年22日，秘鲁及其国会承认大哥伦比亚对通贝斯、哈恩和梅纳斯的权利。通过秘鲁和大哥伦比亚代表之间的协议会议，边界被设定为西部的通贝斯河和东部的马拉农河和亚马逊河__沿着巴西作为它们之间最自然的边界。_然而，悬而未决的是哈恩地区周围的新边界是沿着钦奇佩河还是沿着万卡班巴河。根据和平谈判，秘鲁同意归还瓜亚基尔、通贝斯和哈恩；尽管如此，秘鲁归还了瓜亚基尔，但没有归还通贝斯和哈恩，声称它没有义务遵守这些协议，因为大哥伦比亚在分裂为三个不同的国家——厄瓜多尔、哥伦比亚和委内瑞拉时不复存在。
大哥伦比亚的解散
首都位于波哥大的大哥伦比亚中央区，即首都位于波哥大的昆迪纳马卡或新格拉纳达（现代哥伦比亚），不承认首都位于基多的大哥伦比亚南区与大哥伦比亚联邦的分离。1830年5月13日，厄瓜多尔分离后，考卡省因波哥大中央政局不稳，自愿决定与厄瓜多尔联合。委内瑞拉出生的厄瓜多尔总统胡安·何塞·弗洛雷斯将军经厄瓜多尔议会批准兼并考卡省1830年12月20日，因为考卡政府早在1830年4月就呼吁与南部地区联合。此外，考卡地区在其悠久的历史中与南部地区的人民有着非常牢固的经济和文化联系厄瓜多尔。此外，考卡包括帕斯托、波帕扬和布埃纳文图拉等城市在内的地区一直依赖于基多的总统府或观众席。
波哥大和基多政府之间的谈判无果而终，直到1832年5月战争爆发，波哥大政府才承认厄瓜多尔或考卡从大哥伦比亚分离。事实上，大多数厄瓜多尔武装部队是由来自委内瑞拉和哥伦比亚的叛逆愤怒的无偿退伍军人组成的，他们不想与同胞作战。弗洛雷斯总统看到手下的军官们正在造反、哗变和倒戈，别无选择，只能勉强与新格拉纳达讲和。1832年签署的帕斯托条约将考卡省移交给新格拉纳达（今哥伦比亚），波哥大政府承认厄瓜多尔为一个独立国家，边界沿着莱伊德大哥伦比亚领土划分法于1824年6月25日通过。该法将边界设在卡尔奇河，东部边界在卡克塔河延伸至巴西。后来，厄瓜多尔争辩说，哥伦比亚共和国在重组其政府的同时，非法将其东部边界设为临时边界，哥伦比亚将其领土主张向南延伸至纳波河，因为它声称波帕扬政府将其控制权一直延伸至纳波河。
争夺亚马逊流域的所有权
当厄瓜多尔脱离大哥伦比亚时，秘鲁决定不遵守1829年的瓜亚基尔条约或所达成的议定书协议。秘鲁以1802年新发现的RealCedula为厄瓜多尔的主张提出异议，秘鲁声称西班牙国王已转让这些土地从新格拉纳达总督辖区到秘鲁总督辖区。在殖民时期，这是为了阻止不断扩大的葡萄牙定居点进入西班牙领土，在耶稣会传教士被驱逐出亚马逊盆地的基地后，西班牙领土空置和混乱。厄瓜多尔通过将1802年的Cedula标记为与政治边界无关的教会工具来反击。秘鲁在1851年签署了一项有利于巴西的秘密和平条约后，开始事实上占领有争议的亚马逊领土。该条约无视西班牙的权利在殖民时期，西班牙-葡萄牙关于亚马逊河的条约证实了这一点，该条约涉及非法葡萄牙定居者持有的领土。
秘鲁开始占领Mainas或Maynas地区手无寸铁的传教士村庄，并开始将其称为洛雷托，首都在伊基托斯。在与巴西的谈判中，秘鲁表示，根据1802年的皇家塞杜拉，它声称拥有亚马逊河流域直到卡克塔的领土北部河流，流向安第斯山脉，剥夺了厄瓜多尔和哥伦比亚对亚马逊盆地的所有权利。哥伦比亚抗议说，它的领土主张向南延伸至纳波河和亚马逊河。厄瓜多尔抗议称它声称拥有卡克塔河之间的亚马逊盆地河和马拉尼翁-亚马逊河。秘鲁无视这些抗议，于1853年成立了洛雷托省，首都设在伊基托斯，最近它入侵并开始系统地使用哥伦比亚和厄瓜多尔声称拥有主权的所有领土的河流系统占领该地区。秘鲁1860年，秘鲁再次短暂占领瓜亚基尔，因为秘鲁认为厄瓜多尔将部分有争议的土地出售给英国债券持有人用于开发，但几个月后又归还了瓜亚基尔。1880年至1910年，边界争端被提交给西班牙仲裁，但没有用。
20世纪初，厄瓜多尔曾努力通过谈判与邻国和平划定东亚马逊河边界。1904年5月6日，厄瓜多尔签署了《托巴尔-里奥布兰科条约》，承认巴西对亚马逊的主权，承认厄瓜多尔声称1851年10月23日，一个亚马逊河国家反对秘鲁与巴西签订的早期条约。然后在与哥伦比亚政府代表举行了几次会议后，达成了一项协议，并于1916年7月15日签署了《穆尼奥斯韦尔纳扎-苏亚雷斯条约》，其中哥伦比亚有权普图马约河以及厄瓜多尔对纳波河的权利得到承认，新边界是两条河流之间的中点线。通过这种方式，厄瓜多尔放弃了它对卡克塔河和纳波河之间的亚马逊领土的要求，让给了哥伦比亚，从而切断了与巴西的联系。后来，哥伦比亚和秘鲁因秘鲁对卡克塔地区的主权而爆发了一场短暂的战争，最终秘鲁于1922年3月24日不情愿地签署了所罗门-洛萨诺条约。厄瓜多尔抗议这项秘密条约，因为哥伦比亚放弃了厄瓜多尔声称拥有的领土1916年厄瓜多尔给哥伦比亚的土地给了秘鲁。